Situé au confluent de deux rivières, l’Aveyron et la Bonnette, le lieu s’est appelé Condat (confluent) dès l’époque Celtique, puis Nobilis Valis (Noble Val) à l’époque Romaine.
 
Antonin est venu évangéliser les Ruthènes au début de l’ère chrétienne. Martyrisé à Pamiers, sa dépouille est revenue à Condat dans une barque tirée par deux aigles. À cet endroit, au VIII^ème siècle, s’est construit l’Abbaye de Saint-Antonin. La ville s’est développée plus tard autour de cette abbaye et a pris le même nom.
 
VIII^ème  au XII^ème siècle.
La ville est sous l’autorité d’un Vicomte. L’artisanat et le commerce sont prospères (vin, safran, prunes séchées, boucheries, tanneries, tissage des draps de laine…). Une classe de commerçants et de bourgeois se développe. Témoins les grandes maisons de pierre aux fenêtres géminées et la Maison Romane. Maison Vicomtale (1125), un des plus anciens et plus beaux spécimens de l’architecture Romane civile de France. Des remparts protègent la ville.
C’est au XII^ème siècle que les Vicomtes commencent à perdre de leur pouvoir et concèdent à la ville une charte des libertés droits et coutumes (1140-1144). C’est l’une des premières chartes accordées en France par le régime féodal.
 
XIII^ème  au XIV^ème siècle.
Les échanges commerciaux véhiculent des idées nouvelles. C’est ainsi que nous vient de l’Europe de l’Est la doctrine Cathare qui s’implante rapidement dans le Sud-Ouest. Combattue par le Pape et par le Roi de France – Croisade contre les Albigeois – les Croisés, conduits par Simon de Montfort, assiègent Saint-Antonin en 1212. La ville et l’Abbaye sont en partie détruits. Simon de Montfort devient maître de la ville mais est tué en 1218 au siège de Toulouse. Son fils Amaury et son frère Guy de Montfort héritent de Saint-Antonin qu’ils cèdent plus tard, en 1226, au Roi de France Louis VIII. Celui-ci accepte, et l’année suivante, Louis IX (Saint Louis) confirme sa protection à Saint-Antonin qui devient Ville Royale et atteint son apogée. Le commerce est florissant avec l’Allemagne, l’Italie, l’Angleterre et la Hollande…
Les Vicomtes, ruinés, abandonnent le pouvoir dès le début du XIII^ème siècle. Ils sont remplacés par des Consuls élus pour un an et choisis parmi les familles importantes. Mais dès le XIV^ème siècle commence la Guerre de Cent ans. À la limite des possessions Anglaises, Saint-Antonin souffre beaucoup. Occupée par les Anglais à plusieurs reprises (1344, puis 1351) elle est reprise par le Roi de France après un siège de deux ans (1352-1354) puis redevient  anglaise de 1360 (traité de Brétigny) à 1369.
La guerre, les ravages des grandes compagnies, la peste, provoquent une grande misère. L’activité ne reprend qu’à la fin du XIV^ème siècle.
 
XV^ème et XVI^ème siècles
 
Commence une nouvelle période de prospérité. Témoins les belles maisons de pierre à fenêtres à meneaux des quartiers commerçants, mais aussi les constructions plus modestes en torchis et pans de bois des quartiers ouvriers. À l’intérieur de ses remparts, la ville a compté jusqu’à 6.000 habitants.
Mais voici les guerres de religions. Saint-Antonin adopte le religion réformée et en 1562, après une lutte acharnée, les « papistes » sont chassés de Saint-Antonin qui se déclare « République Protestante ». Les batailles sont rudes, l’abbaye et les églises sont détruites. La ville renforce ses remparts.
En 1622 Louis XIII fait le siège de Saint-Antonin, investit la ville et fait raser les remparts. Les catholiques reviennent et les deux communautés cohabitent tant bien que mal jusqu’à la Révocation de l’Édit de Nantes (1685) où les dragonnades et l’inquisition obligent les protestants à abjurer ou à fuir. La période « héroïque » de Saint-Antonin est terminée. La ville est reprise en main par le Roi de France : c’est la fin des privilèges accordés et confirmés depuis le XIII^ème siècle et la décadence progressive de la vie économique et politique.
 
Au XVIII^ème et XIX^ème siècles de beaux bâtiments religieux (couvent des Génovéfains) et civils (maisons bourgeoises) ne suffisent pas à masquer le déclin de la cité.
 
Fin du XIX^ème siècle, l’ouverture d’une ligne ferroviaire (1856) et au XX^ème siècle l’installation d’une station thermale (1924) ont fait croire à un regain d’activité. Mais l’inondation de 1930 a détruit les installations. La desserte ferroviaire a été supprimée en 1956.
 
Saint-Antonin est aujourd’hui une station verte de vacances où il fait bon se promener dans les rues étroites aux noms évocateurs où à chaque pas vous découvrez un témoin de douze siècles d’histoire.
« Mais nous sommes dans un musée ! ».
Ainsi s’exclamait Viollet-le-Duc lorsqu’il découvrit la « petite ville de Saint-Antonin » un jour de septembre 1842.